Program Riset Kebijakan Prolog berfungsi sebagai jantung analitis dari keseluruhan kerja kelembagaan. Dirancang untuk menghasilkan rekomendasi strategis yang berorientasi pada kebijakan publik, program ini menempatkan riset sebagai instrumen untuk memahami dan memengaruhi arah tata kelola pemerintahan, dinamika demokrasi elektoral, kebijakan energi, serta pembangunan infrastruktur publik. Pendekatan mixed methods—yang menggabungkan analisis kualitatif mendalam dan pengolahan data kuantitatif—memungkinkan tim riset Prolog menelusuri keterkaitan antara regulasi, aktor, dan konteks institusional secara komprehensif. Setiap penelitian diawali dengan pemetaan masalah kebijakan, diikuti oleh penelusuran kebijakan eksisting, evaluasi efektivitas intervensi publik, hingga perumusan rekomendasi berbasis bukti (evidence-based policy recommendation).
Lebih jauh, riset kebijakan Prolog tidak berhenti pada tahap dokumentasi akademik, tetapi diarahkan untuk menjadi alat intervensi kebijakan. Setiap hasil studi dikembangkan menjadi keluaran yang aplikatif—seperti policy brief, laporan strategis, dan naskah teknokratik—yang dapat digunakan secara langsung oleh lembaga pemerintah, parlemen, maupun mitra pembangunan dalam proses perumusan kebijakan. Melalui forum konsultasi kebijakan, FGD lintas aktor, dan publikasi preskriptif, hasil riset diterjemahkan ke dalam bahasa operasional yang dapat diimplementasikan oleh pembuat keputusan.
Dalam kerangka advokasi publik, Prolog menempatkan riset kebijakan sebagai ujung tombak advokasi berbasis data, guna memperkuat kapasitas negara sekaligus memperluas ruang partisipasi masyarakat sipil dalam proses kebijakan. Fokus tematiknya meliputi reformasi elektoral dan tata kelola demokrasi, desentralisasi fiskal dan akuntabilitas publik daerah, transisi energi berkeadilan, serta pengelolaan infrastruktur publik yang inklusif dan berkelanjutan. Melalui riset yang preskriptif, kolaboratif, dan berdampak, Prolog membangun posisi strategis sebagai mitra pemerintah, sektor swasta, dan komunitas internasional dalam merumuskan kebijakan publik yang transparan, adil, dan berbasis bukti ilmiah.
